一、消毒措施落实
1.育苗场地消毒。彻底清除育苗棚内外的杂草、杂物，排除淤积在育苗棚室周围的污水，在水沟内撒石灰粉或5%的石灰水消毒。育苗前，棚外走道和棚室两侧必须同时进行消毒。对育苗池、拱架、棚顶及棚四周的塑料薄膜进行喷雾消毒，消毒后密封5～7天。
2.旧育苗用具消毒。使用过的苗盘应用洁净水冲洗干净，清洗后盘面及孔穴中不允许残留基质和烟苗残根。育苗盘洗净后再进行消毒，消毒可用1%～2%的福尔马林或0.05%～0.1%高锰酸钾喷洒或浸泡。直接浸泡的时间应在20分钟以上，延长时间效果更好；喷洒消毒的要用塑料膜覆盖保湿1～2天。消毒后的苗盘用清水清洗，防止残留药液影响出苗率。经过消毒的旧育苗盘晾干后方可装盘播种。
二、刮根与剪叶
1.刮根。烟苗长至大十字之后要将伸出盘外的根系清除，以促进基质中根系的发达。也可在小十字之前或结合第一次施肥时施入浓度为十万分之二的硫酸铜杀根。
2.剪叶。为培育高茎壮苗，第1次剪叶时间可适当推迟。当烟苗达到6～7片真叶，自然苗高达8～10cm且明显封盘时进行第1次剪叶，以后每4～6天修剪一次，至烟苗移栽时共修剪3～4次，修剪高度掌握在烟苗生长点以上3～4cm。剪叶一般应选择在晴天中午进行，并保障烟叶表面不带明水。第1次剪叶时宜轻，以后可逐渐加重，但每次修剪幅度不应超过单叶面积的一半。剪叶时要防止损伤心叶，确保修剪后烟苗整齐一致，达到控大促小的效果。剪叶后应及时清除碎叶并集中处理，不要让碎叶残留在盘面上，同时喷施病毒病防治药剂。
三、用水管理
总的要求是，严禁使用有污染、带病源菌的水源播种和浇施。
1.漂浮育苗。遵循先少后多的原则，即从播种至出苗前，育苗池水深可控制在5cm左右，以提高水温，加快出苗。待出苗90%后，再添加池水并保持水深在10cm，便于营养液配制。第1次剪叶后，原则上不再加水，让其自然落干，以促进根系生长。育苗过程中若发现池水有变浑浊、发臭等异常现象，应及时换水，否则将影响烟苗生长。水面不能暴露在阳光下，以防藻类滋生，影响烟苗生长。如遇池水泄漏，应及时换膜、加水、加肥。
2.湿润育苗。严格控制育苗池内营养液的深度，1～1.5cm比较适宜，最高不得超过2cm。水过深则盘面湿度大，基质板结，通透性差，易闷死苗；水过浅则基质干燥，种子不能出苗或出苗后易枯死。出苗至剪叶前应及时控制水分，池中水深保持1cm，池中水干且基质表面开始出现干爽时，应及时补充水肥，但要注意补水肥不宜过迟，否则烟苗生长会受抑制。第1次剪叶后用洒水壶喷洒营养液和水分，喷施的水分相应减少，目的是促进烟苗根系生长，形成发达根系。到了成苗期应减少浇水次数和浇水量，以间断供水为主，并拆除育苗池挡板；池底不能有水层，以保证成苗时根系将基质全部包裹；控水的程度以烟苗中午发生轻微萎蔫、早晚能恢复为宜。一般应从移栽前10天左右开始间断供水、拆除育苗池挡板。
四、炼苗
1.揭膜炼苗。移栽前15天开始进行揭膜炼苗，揭膜要循序渐进，先揭去小棚膜，后开大棚门，再逐渐揭去大棚膜；先白天揭膜、晚上盖膜，再全天揭膜。遇寒流应盖膜保温，以防冻害。
2.断水炼苗。烟苗栽前5～10天要把营养池内的水全部放掉，等烟苗轻度萎蔫、基质表面发白时在叶面喷施速效氮肥，并重复进行多次，这样有利于促进次生根的生长，保障烟苗的早生快发。喷施肥料后应喷清水洗苗，以防止烟苗肥害。
